האתר "גלובס" מדווח (מאת אסף גלעד) כי מיקרוסופט העולמית בדקה בשבועות האחרונים את פעילות מיקרוסופט ישראל עם מערכת הביטחון ואופן הדיווח עליה להנהלה העולמית. במסגרת זו הגיע לישראל צוות בדיקה מטעם מיקרוסופט העולמית, ובחן במיוחד את פעילות מחלקת המכירות הממשלתית. מנכ"ל מיקרוסופט ישראל, אלון חיימוביץ', זומן להליך הבדיקה, ולאחריו הודיעה החברה כי יסיים את תפקידו בחברה בסוף חודש מאי.

בנוסף למנכ"ל, סיימו את תפקידם גם כמה מנהלים במחלקת הממשל במיקרוסופט ישראל, והניהול הזמני של הפעילות הועבר למיקרוסופט צרפת. מוקד הבדיקה היה חשש של הנהלת החברה העולמית להפרת תנאי השימוש והקוד האתי של מיקרוסופט, וכן חוסר שקיפות כלפי ההנהלה העולמית באשר לאופן השימוש במערכות החברה בידי גורמי ביטחון. החברה חששה לחשיפה לסיכונים רגולטוריים באירופה, בין היתר משום שחלק מן השירותים סופקו באמצעות שרתים המצויים באירופה, שם חלים דיני פרטיות ופיקוח מחמירים יותר.

מיקרוסופט אינה חלק ממכרז הענן הממשלתי "נימבוס", ובניגוד לזכיינים כמו גוגל ואמזון החברה לא הסכימה לשימושים הנרחבים של מערכת הביטחון בישראל בשירותים, כגון לצרכים כמו איסוף מידע על משתמשים ושימוש במידע זה לפגיעה במעורבים בטרור.

בחודש ספטמבר האחרון מיקרוסופט הודיעה על הפסקת הגישה של יחידת 8200 לשירותי הענן והבינה המלאכותית שלה, לאחר שהתברר לה לטענתה כי נעשה בהם שימוש בפרויקט מעקב רחב היקף אחר אזרחים פלסטינים בגדה המערבית וברצועת עזה. החברה קבעה כי השימוש שביצעה היחידה בשירותי Azure לא תאם את תנאי השימוש, לאחר שנחשף כי מאגר עצום של שיחות טלפון יומיות של פלסטינים - בהיקף של עד 8,000 טרה בייט - נשמר במרכז נתונים של מיקרוסופט בהולנד. בעקבות פרסום המידע, הועברו הנתונים לשרתים אחרים. החלטת מיקרוסופט התקבלה לאחר חקירה פנימית שנפתחה בעקבות תחקיר עיתונאי של הגרדיאן הבריטי, ובצל לחץ גובר מצד עובדים ומשקיעים.