שמונה עותרים - ובהם דורון אופק, פרופ' קארין נהון ודורון שקמוני, הפעילים נגד המאגר הביומטרי וכן התנועה לזכויות דיגיטליות - הגישו הבוקר עתירה לבג"צ בדרישה לביטולו. לאחרונה אישרה הכנסת את התקנות שתכליתן להפעיל את המאגר מ- 1 ביוני. 

לדברי העתירה "המאגר הביומטרי הוצג כפתרון לבעיה של התחזויות מסוג הרכשה כפולה [מתן תעודת זהות למתחזה - ח.ר.], ולבעיה קונקרטית זו בלבד...    בשנים מאז חקיקת החוק לא הצליחה הרשות לניהול המאגר הביומטרי להציג נתונים על בעיית ההרכשה הכפולה ואף לא ניסתה לאסוף אותם. בד בבד, הציגה נתונים (אחרים) מעוותים כדי לגרום לכנסת להעביר חוק שרוב חבריה לא השתכנעו בנחיצותו. הסכנה הבטחונית מהקמת מאגר ביומטרי, הסכנה בדליפתו, הסכנה לשימושים לרעה על ידי ארגוני טרור או עובדים שסרחו, ניצבות כולן מול בעיה שקיימת באופן תיאורטי בלבד, ושניתן לפתור אותה בשלל פתרונות אפקטיבים יותר, שפוגעים בפרטיות פחות, ושכל אחד מהם היה פותר את הבעיה הנטענת בלי לפגוע בעקרונות החוקתיים המוגנים ובבטחון המדינה ותושביה."

העתירה תוהה "האם בעיה תיאורטית שאיסוף מידע כה רגיש הוא האמצעי המסוכן ביותר לצמצומה (ככל שהייתה קיימת), מצדיקה שימוש דווקא באמצעי שכרוך בפגיעה החמורה ביותר בזכות לפרטיות ובבטחון האישי? האמנם יכולה המדינה להגן על הטענה שאיסוף מידע כה רב הוא מידתי מבלי שבחנה לעומק את הנזקים הפוטנציאליים והבלתי הפיכים לבטחונם האישי, לפרטיותם ולחירותם של תושביה כתוצאה מדליפה, מניצול לרעה של המידע ומעצם האיסוף?" והיא משיבה במילים "התשובה לשאלות עקרוניות ופרקטיות אלה היא "לא" מהדהד".

העתירה הוגשה באמצעות עוה"ד יהונתן קלינגר וגלית לובצקי. טרם הוחלט אם לתת צו על תנאי כמבוקש וממילא המדינה טרם השיבה לעתירה.