המדיניות שאומצה דוגלת בשימוש מצומצם ביישומים ובמאגרים ביומטריים במדינה, בדומה לקול שמשמיעים בשנים האחרונות מתנגדי המאגר הביומטרי. על פני הדברים, המדיניות שאמצה יד אחת של המדינה עומדת בסתירה למאמצי היד האחרת להפוך את הרישום למאגר הביומטרי (שצפוי לכלול הן טביעות אצבע והן תמונות פנים) למנדטורי לכלל אזרחי ישראל. ואכן, העקרונות שנקבעו במסמך משקפים את העימות בעניין הכללת טביעות אצבע במאגר - עימות שהתנהל בשנה האחרונה בין הממונה על יישומים ביומטריים במשרד ראש הממשלה, רם ולצר, לבין ראש הרשות לניהול המאגר הביומטרי, גון קמני.
מסמך המדיניות מזהיר מפני אפשרות 'השתלת' טביעות אצבע של חפים מפשע בזירות פשיעה ושימוש במאגר שמכיל תמונות פנים או זיהוי קשתית לצורך מעקב אחר אזרחים ללא הסכמתם. "אירוע דלף מידע ממאגר ביומטרי עלול לגרום לפגיעה בפרטיות, לפגיעה פיזית ו/או כלכלית, ובמקרי קיצון – להפללת אנשים חפים מפשע, לפגיעה בביטחון המדינה ובניהולה התקין...על גוף הבוחר לנהל יישום ביומטרי לשקול האם ניתן לקיימו ללא מאגר ביומטרי" נכתב במסמך.