Better Rail ביצעה שימוש מסחרי אסור, עקפה מנגנוני גישה, גנבה סודות מסחריים ותרמה לקריסות ולעלויות של מאות אלפי שקלים - כך טוענת רכבת ישראל, במכתב התראה ששלחה למפעילי האפליקציה. רכבת ישראל דרשה להפסיק את הגישה למערכותיה ולממשק ה-API שלה, למחוק את המידע שנאסף ולהסיר את האפליקציה מחנויות האפליקציות. לאור פרסום המקרה, הכפילה היום האפליקציה את מספר ההורדות שצברה בהשוואה לחמש שנות פעילותה - מ-5,000 ל-10,000 הורדות.

Better Rail פועלת מאז 2021 כאפליקציה עצמאית לתכנון נסיעות ברכבת. היא מציגה מידע בזמן אמת (המדויק יותר מהמידע המוצג על ידי הרכבת), זמינה ללא תשלום ונכתבה בסיוע קוד פתוח. Better Rail דחתה את הטענות, הבהירה כי לא בוצעה כל פעולת פריצה וכי הנתונים של רכבת ישראל היו נגישים באופן חופשי לכל מי שניגש ל-API. היא אף סירבה לדרישה להסיר את האפליקציה מחנויות האפליקציות, אך הסכימה לעבור לשימוש בנתונים של משרד התחבורה (הפחות מדויקים). מקור: כלכליסט - כאן, וכאן (מאת חופית כהן אולאי).

law.co.il חושב שהעובדה שנתונים המהווים "סודות מסחריים" היו חשופים לציבור הרחב, ושה-API אפשר "להקריס את מערכות רכבת ישראל", מחייבת בדיקה מעמיקה ודחופה בשילוב מערך הסייבר הלאומי.